Kommt eben drauf an was vorher drauf war. Wenn der Core gewechselt wurde, sollte man vorher eh ein Reset durchführen, dann ist danach auf alle Fälle das dunkle Thema aktiv, da default. Ansonsten werden die Einstellungen nur überschrieben, wenn man den CFG Holder ändert. Kann aber auch sein, wenn Du ohne Rest ein neuen Core rein ballerst, dass die Einstellungen eh flöten gehen und es dann danach dunkel ist.
In der Regel passiert so was nur, wenn man nicht genau weiß was man gerade tut.
Mich hatte es eher gewundert, dass ich auf meinem genullten Test Shelly nach dem Flashen noch die helle Oberfläche drin hatte, denn das sollte nicht passieren. Da habe ich wohl zwischen drin irgend ne Meldung verschlafen