Na das kanns auch sein, da Atom den COM5 anscheinend bevorzugt, zumindest ist der mal in der paltformio.ini eingestellt.
Schau doch mal welcher COM Port verschwindet, wenn der USB Konverter abgezogen wird und den stellst dann einfach ein. Fakt, der Sonoff hat keine Verbindung zu Atom und das liegt derzeit am falschen Port.